- Современное состояние водоемов (гидрология, гидробиология, ихтиология, гидрохимия, гидрофизика и другие направления).
- Функционирование озерно-речных систем и их водосборов.
- Изучение изменчивости водных систем под влиянием климатических и антропогенных факторов. Экспериментальные исследования и моделирование.
- Мониторинг, прогнозирование изменений, проблемы восстановления, рационального использования и охраны водных систем.
- Палеолимнологические исследования, реконструкция и интерпретация истории озер.